Cúm lợn do vi rút cúm A thuộc họ Orthomyxoviridae, có vỏ bọc glycoprotein với chuỗi gen ARN gây ra. Vi rút cúm týp A ở lợn có thể chia thành nhiều týp phụ khác. Các týp phụ thường được phát hiện phổ biến ở lợn gồm týp phụ H1N1, H1N2 và H3N2 hay H1N7, H3N1, H4N6, H3N3, H9N2[10].

Các chủng virus cúm gia cầm phân lập được từ lợn bệnh là H1N2, H3N2, H1N1 và H3N1. Hầu hết các vi rút cúm phân lập được từ lợn trong thời gian gần đây là vi rút cúm H1N1, cũng chính là chủng vi rút cúm gây bệnh phổ biến trên người hiện nay.

Virus cúm có thể gây bệnh cho người, cho các loài gia súc (bao gồm cả lợn), gia cầm, chim hoang dã. Virus cúm có 2 kháng nguyên bề mặt là H và N luôn thay đổi. Đến nay, đã phân lập được nhiều chủng virus thuộc tup A có 9 kháng nguyên N xếp từ N1, N2 đến N9 và 16 kháng nguyên H từ H1, H2 đến H16. Từ 9N và 16H có thể tạo ra 144 virus cúm có thể gây ra 256 dạng cúm cho người và động vật[9].

Trong tự nhiên, virus cúm tồn tại từ 3 đến 30 ngày vẫn giữ nguyên độc lực gây bệnh; bị diệt dưới ánh sáng mặt trời và nhiệt độ trên 65 độ C trong 30 phút[9]. 

Vi rút cúm lợn H1N1 đã lưu hành trên lợn từ những năm 1930, H3N2 xuất hiện ở các đàn lợn của Mỹ vào năm 1998. Vi rút cúm H3N1 ban đầu xuất hiện ở lợn là có nguồn gốc từ con người. Vi rút cúm lợn H3N2 hiện nay có mối quan hệ chặt chẽ với vi rút cúm H3N2 ở người.

Biến chủng mới vi rút cúm A/H1N1 đang gây bệnh trên người ở Mexico, Mỹ, Canada, New Zealand, Tây Ban Nha… nhưng lại có các gen di truyền được kết hợp từ 4 nguồn, gồm: vi rút cúm lợn Bắc Mỹ, vi rút cúm gia cầm Bắc Mỹ, vi rút cúm người và vi rút cúm thông thường. 

Các loại vi rút cúm lợn vượt qua khỏi biên giới quốc gia và kết hợp với vi rút bản địa, tạo thành những chủng vi rút mới. 

Virus cúm gia cầm khi vào lợn có thể gây đột biến gen, tạo các chủng virus cúm có độ lực cao. Lợn có thể bị nhiễm cả chủng vi rút cúm gia cầm, chủng vi rút cúm người, vi rút cúm lợn. Khi lợn nhiễm phải, các vi rút có nguồn gốc từ các nguồn khác nhau có thể trao đổi gen, để hình thành các vi rút mới có chứa các gen của cả vi rút cúm gia cầm, cúm người và cúm lợn; các vi rút cúm mới này có khả năng gây bệnh khác nhau, thường dẫn đến các bệnh cúm nguy hiểm hơn.